1、SYBR? Green 試驗設計

      SYBR? Green 可能是實時PCR中最常用的化學分子。BeaconDesigner?可以設計SYBR? Green PCR引物，并且可以幫助您進行前導引物評估。您可以自主控制設計參數(shù)或者直接選擇由專家研究和交流后得到的默認值。同時您還可以針對特殊的實驗需要自己設置默認值。

      除了可以在目的基因的任意位置中定位引物，Beacon Designer 還可以跨內(nèi)顯子-內(nèi)顯子或外顯子-外顯子設計引物�？缤怙@子內(nèi)含子連接的引物設計有助于選擇性地從gDNA中擴增得到cDNA。

      2、HRMA 試驗設計

      Beacon Designer?提供了一個檢測突變的高效方法。相對于以探針為基礎的基因型分析，HRMA更經(jīng)濟實惠。該軟件運用一種特有的專利的算法，能夠設計出檢測突變的最好引物。

      HRMA引物被設計將感興趣的突變設計于最短的擴增子，能夠檢測到解鏈溫度變化。引物避免了模板的二級結(jié)構(gòu)，保證了有效的引物延伸。HRMA引物可以在NCBI上比對核苷酸信息來檢測特異性。此外，預引物和已經(jīng)發(fā)表的引物同樣可以用來檢測。

      3、雙標簽探針設計

      Beacon Designer目前支持基于四種探針的化學反應：

      4、TaqMan 探針

      使用Beacon Designe能夠幫助您研究不同基因表達以及單核苷酸多態(tài)性。同樣，您可以選擇LNA替代taqman探針，它比taqman探針更加穩(wěn)定。Beacon Designer?可以幫助您設計甲基化的taqman探針。MethyLight 是一個高通量的分析，用來區(qū)別甲基化和非甲基化的DNA。通過Beacon Designer?，可以通過設定甲基化和非甲基化鏈，以及未處理DNA序列的寡核苷酸來適當?shù)乜刂埔�物和探針的設計。您可以使用這些化學物評估pre-designed/published的引物或TaqMan?探針。設計完成之后，系統(tǒng)會根據(jù)不同的寡核苷酸屬性將設計的結(jié)果按性能排序并給出一個結(jié)果列表。

      5、分子信標

      設計或評估標準分子信標或用于NASBA分析的分子信標。NASBA是一個依賴引物的技術，用于單一混合物在一個溫度下的連續(xù)擴增。您可以設計單一溫度或多反應的分子信標。

      6、Scorpions

      Beacon Designer支持Scorpions引物和探針的設計。Scorpions分析不依賴于探針的酶活性口袋。引物和探針在反應過程中緊密的偶聯(lián)。

      7、FRET探針

      Beacon Designer可以對之前設計的FRET探針進行再設計和評估。BeaconDesigner 中，F(xiàn)RET探針能與SYBR? Green偶聯(lián)在一起。

      8、多重實時PCR分析

      利用Beacon Designer，您可以根據(jù)多重實時PCR分析設計TaqMan?，可多達5條包含參考基因選擇的序列。